Sistem klasifikasi filogenetik muncul setelah teori evolusi dikemukakan oleh para ahli biologi. Sistem ini disusun berdasarkan jauh dekatnya kekerabatan antara takson (kelompok yang terbentuk dari pengklasifikasian) yang satu dengan lainnya sekaligus mencerminkan perkembangan makhluk hidup. Pada sistem ini juga dijelaskan mengenai kesamaan susunan molekul dengan senyawa biokimia pada makhluk hidup yang memiliki fungsi yang berbeda pada setiap makhluk hidup. Pada dasarnya klasifikasi filogenetik disusun berdasarkan persamaan fenotip, faal, dan tingkah laku yang diamati.
Sistem ini diperkenalkan oleh Charles Darwin lewat bukunya yang berjudul The Origin of Spesies by Means of Natural Selection. Dalam buku tersebut Darwin menyatakan ada hubungan antara klasifikasi dan evolusi. Dasar pemikirannya bahwa organisme berubah sehingga berbeda sifat atau cirinya dengan sifat dan ciri nenek moyangnya.
Bertolak dari teori evolusi Darwin, muncullah sistem klasifikasi modern berdasarkan filogeni, yaitu klasifikasi yang disusun dengan melihat keturunan dan hubungan kekerabatan. Filogeni adalah sejarah evolusi suatu kelompok organisme. Klasifikasi yang berdasarkan filogeni disebut klasifikasi filogenetik. Sistem ini didasarkan pada jauh dekatnya kekerabatan antarorganisme atau kelompok organisme. Organisme-organisme yang berkerabat dekat memiliki persamaan ciri yang lebih banyak dibandingkan dengan organisme yang berkerabat jauh. Ciri-ciri yang digunakan dalam pengklasifikasian adalah ciri morfologi, anatomi, fisiologi, dan perilaku.
Klasifikasi yang didasarkan pada hubungan filogenetik mengalami berbagai perkembangan. Klasifikasi ini diakui dan dipakai secara internasional. Ada beberapa sistem klasifikasi yang pernah diperkenalkan oleh para ahli taksonomi, yaitu sebagai berikut.
Klasifikasi Berdasarkan Sistem Filogenetik
-
Sistem Filogenetik Dua Kingdom
Sistem dua kingdom adalah sistem klasifikasi yang pertama dan dikemukakan oleh Aristoteles yang pada saat itu belum dikenal organisme mikroskopis. Dalam sistem ini organisme dibedakan atas dua dunia, yaitu berikut ini.
- Kingdom Plantae (Dunia Tumbuhan)
Dasar pengelompokan tumbuhan adalah semua organisme yang mempunyai dinding sel kaku atau keras karena tersusun dari selulosa dan mempunyai kemampuan melakukan fotosintesis. Meskipun tidak berklorofil, bakteri dan jamur dimasukkan dalam kingdom plantae. Alga, lumut, paku-pakuan dan tumbuhan berbiji juga dimasukkan pada kingdom tumbuhan.
- Kingdom Animalia (Dunia Hewan)
Dikelompokkan berdasarkan suatu ciri, yaitu mempunyai kemampuan berpindah dari satu tempat ke tempat yang lain, tidak berklorofil dan tidak berdinding sel. Misalnya, Protozoa, Porifera, Coelenterata, Arthropoda, Echinodermata sampai Chordata.
-
Sistem Filogenetik Tiga Kingdom
Sistem tiga kingdom muncul setelah adanya mikroskop, yang mengungkapkan adanya makhluk mikroorganisme bersel satu (uniseluler) dan bersel banyak (multiseluler) yang memiliki ciri hewan dan tumbuhan. Makhluk hidup tersebut dikelompokkan tersendiri, yaitu kingdom protista. Dengan demikian, makhluk hidup, kemudian dikelompokkan menjadi tiga kingdom, yaitu sebagai berikut.
- Kingdom Protista
Ciri-ciri adalah tubuh terdiri dari satu sel atau banyak sel yang belum terdiferensiasi. Contohnya, semua organisme yang bersel satu, misalnya alga dan diatom, serta organisme multiseluler sederhana seperti Paramecium dan alga. - Kingdom Plantae
Terdiri dari organisme yang bersifat autotrof, eukariota multiseluler dan berreproduksi dengan spora. Contohnya, jamur, lumut, paku, dan tumbuhan biji. - Kingdom Animalia
Terdiri dari organisme yang bersifat heterotrof dan multiseluler. Contohnya, Protozoa, Porifera, Coelenterata, Arthropoda, Echinodermata sampai Chordata.
-
Sistem Filogenetik Empat Kingdom
Sistem empat kingdom berkembang setelah dalam struktur sel ditemukan inti sel yang tersebar dalam sitoplasma. Hal ini terjadi karena tidak ada membran yang membungkus inti yang disebut prokariotik. Selain itu, ditemukan juga organisme eukariotik, yaitu organisme yang inti selnya telah mempunyai membran inti. Berdasarkan hal tersebut maka organisme dikelompokkan menjadi empat kingdom, yaitu sebagai berikut.
- Kingdom Monera, memiliki ciri-ciri inti tanpa membran (prokariot).
- Kingdom Protista, terdiri dari organisme bersel satu dan organisme multiseluler yang belum terdiferensiasi.
- Kingdom Plantae, terdiri dari jamur, lumut, paku dan tumbuhan biji.
- Kingdom Animalia, semua hewan mulai dari Protozoa sampai Chordata.
-
Sistem Filogenetik Lima Kingdom
Sistem lima kingdom dikembangkan oleh R.H. Whittaker tahun 1969 dan banyak didukung oleh ilmuwan biologi. Pada sistem ini, jamur dipisahkan dari kingdom plantae berdasarkan ciri struktur sel dan cara memperoleh makanan, kemudian dikenal klasifikasi sistem lima kingdom yang terdiri atas berikut ini.
- Kingdom Monera
Memiliki ciri-ciri sel yang prokariotik, artinya sel tersebut tidak memiliki membran sel, dan selain itu juga tidak memiliki mitokondria, retikulum endoplasma, badan golgi dan lisosom. Cara berkembang biak dengan membelah diri secara langsung (amitosis). Makhluk hidup yang termasuk Kingdom Monera adalah ganggang hijau- biru, Archaebacteria dan Eubacteria. - Kingdom Protista
Memiliki ciri-ciri tubuh tersusun dari satu sel atau banyak sel, namun sel-sel tersebut sederhana dan tidak membentuk jaringan. Sel bersifat eukariotik, misalnya termasuk protozoa dan ganggang. - Kingdom Fungi/jamur
Memiliki ciri-ciri organisme eukariota, sebagian besar multiseluler, bersifat heterotrof dengan cara menyerap zat-zat makanan dari lingkungan. Makhluk hidup yang termasuk Kingdom ini adalah semua jamur, kecuali jamur lendir dan jamur air. - Kingdom Plantae
Memiliki ciri-ciri organisme eukariota, multiselluler, bersifat autrotof dan dapat melakukan fotosintesis. Organisme yang termasuk Kingdom ini adalah Bryophita, Pterydophyta, dan Spermatophyta. - Kingdom Animalia
Memiliki ciri-ciri eukariota bersel banyak yang bersifat heterotrof. Makhluk hidup yang termasuk kingdom ini adalah semua hewan mulai dari Protozoa sampai Chordata.
-
Sistem Filogenetik Enam Kingdom
Sistem enam kingdom pertama kali dikemukakan oleh Carl Woese, seorang ahli biologi molekuler dari University of Illionis, yang menemukan bahwa Archaebacteria berbeda dengan Eubacteria (bakteri). Archaebacteria berbeda dengan Eubacteria dalam hal proses transkripsi dan translasi genetiknya. Pada Archaebacteria transkripsi dan translasinya lebih mirip dengan apa yang terjadi pada eukariotik. Selanjutnya para ahli biologi bersepakat memisahkan Eubacteria dan Archaebacteria. Secara lengkap klasifikasi sistem enam kingdom adalah berikut ini.
- Eubacteria (bakteri), ciri-cirinya adalah prokariot bersel satu.
- Archaebacteria (prokariot), ciri-cirinya mirip eukariot.
- Protista, (eukariot bersel satu), ciri-cirinya tidak memiliki jaringan atau sel yang terdiferensiasi.
- Fungi, ciri-cirinya bersifat eukariot osmotrofik bersel satu atau banyak.
- Plantae (tumbuhan), bersifat autrotof, eukariot multiseluler, dan bereproduksi dengan spora.
- Animalia (hewan), bersifat heterotrof dan eukariot multiselular.
Dari kelima sistem klasifikasi di atas, klasifikasi mana yang terbaik tergantung pada kesepakatan bersama. Tidak ada keputusan dari para ahli biologi dan taksonomi yang menentukan klasifikasi mana yang lebih baik karena masing-masing sistem memiliki dasar sendiri-sendiri. Namun, pada saat ini kecenderungan para ahli biologi menggunakan sistem klasifikasi lima atau enam kingdom.
